Tanto Santo Tomás como Descartes consideran que los problemas filosóficos se resuelven separando sus términos en ámbitos. Aristóteles separó, dentro de la sustancia, entre materia y forma, separación ésta que le permitió explicar el cambio y la multiplicidad de individuos. Santo Tomás aceptó como propia esta separación, pero Descartes la convierte en una separación no entre componentes de la sustancia sino entre tipos de sustancia. Tenemos así la sustancia pensante, por sí misma única en cada individuo y garante de la individualidad personal. A otro ámbito pertenece la sustancia extensa, en la cual no existe ninguna individualidad propia, quiero decir, debida a la sustancia, sino a los modos y modificaciones de la misma. Al realizar la separación entre sustancias y no en componentes de la sustancia, el movimiento debe quedar como algo ajeno a las mismas y es el Dios cartesiano quien lo introduce en el mundo al crearlo, limitándose las sustancias existentes en él a conservarlo.
Otra consecuencia de la diferente aplicación del mismo principio en Santo Tomás y Descartes la podemos encontrar en el caso de la antropología. Mientras para Santo Tomás el ser humano es una sustancia compuesta de cuerpo (materia) y alma (forma), en Descartes el ser humano está compuesto por dos sustancias diferentes. Esto le permite proponer una solución para uno de los problemas característicos de toda separación en ámbitos, explicar si y cómo se puede establecer una correlación entre elementos que se atienen a condiciones heterogéneas. Descartes coloca un campo que intermedia entre cuerpo y alma, el formado por los espíritus animales, que se encargan de transmitir información e instrucciones entre ellas, lo cual lleva a preguntar si no podría existir también algún elemento que intermediase entre los ámbitos de la sustancia finita y la infinita, el de la necesidad y el de la contingencia, el de la duda y el de la certeza. En cualquier caso, para que el campo de los espíritus animales pueda intermediar entre sustancia pensante y extensa es necesario, según Descartes, añadir algo a ésta, una glándula pineal que caracterizaría en exclusiva a los seres humanos.
A la separación entre materia y forma, Santo Tomás añadió una nueva separación en términos de esencia y existencia. Entre ambas, como ocurre entre sustancia infinita y finita, no hay nada intermedio, o esencia y existencia coinciden plenamente o deben considerarse completamente distintas. En el Dios de Santo Tomás coinciden plenamente, pues su esencia consiste en existir, y separan su ámbito propio, el perteneciente al Creador, del ámbito de las criaturas en el que no hay coincidencia de esencia y existencia. Algo semejante encontramos en Descartes, para quien Dios existe necesariamente pues sólo depende de sí mismo para existir, mientras que las sustancias finitas dependen de la infinita para existir. Queda dicho que un abismo separa en ambos a Dios de las criaturas como declara explícitamente Santo Tomás en sus cinco vías al afirmar que una serie infinita de intermediarios es imposible de recorrer y, por tanto, no puede haberla. No obstante, Santo Tomás considera que podemos llegar al conocimiento de la existencia de Dios partiendo de lo sensible, algo que Descartes niega pues sobre lo sensible se extiende la sospecha de la duda si, previamente, no se demuestra la existencia de Dios. Las demostraciones de la existencia de Dios de Descartes parten de su idea, quiero decir, presuponen una separación entre el ámbito de aquella idea de la que puede deducirse la existencia de lo en ella contenido del resto, mientras que Santo Tomás considera que no cabe hacer una separación entre unos tipos de ideas y otros sino entre las ideas, los conceptos y los contenidos sensibles. Dios, dice Santo Tomás, es evidente para sí mismo, pero no para nosotros, pues en él esencia y existencia coinciden. Descartes, desde luego, está de acuerdo en que la evidencia depende de una cierta coincidencia, la que hay entre claridad y distinción y debemos recordar a este respecto que la existencia tomista tiene un carácter individualizador, al menos en el sentido de que nos permite diferenciar a un individuo de otro como hace la distinción cartesiana. El propio requisito de la claridad puede entenderse en Descartes como aquel estado mental que se alcanza al comprender la esencia de lo que se trata.
Suele afirmarse que las pruebas tomistas de la existencia de Dios son a posteriori y las pruebas cartesianas a priori, pero la separación entre el ámbito de lo a priori y el de lo a posteriori es cuestionable pues existe una notable semejanza entre la segunda prueba cartesiana y la tercera tomista: ambas giran en torno a la separación entre la contingencia del mundo y la necesidad de Dios. Esta segunda prueba cartesiana es, de hecho, muy interesante. Por una parte, Descartes afirma que el mundo, para mantenerse en su existencia, necesita de Dios, lo cual aparece en la ley natural tomista como un imperativo puesto por Dios a las criaturas: preservar la propia existencia. Por otra parte, Descartes sostiene que el mundo no tiene el poder de mantenerse en la existencia y señala que ese poder para mantenerse en la existencia coincide con el poder para crear. Ahora bien, el método cartesiano es precisamente un método para crear nuevas verdades como lo demuestra el hecho de que le permitió formular una nueva: “pienso luego existo”. Resulta, por tanto, un poco contradictorio afirmar que en el mundo no hay capacidad para crear y, al mismo tiempo, que en el mundo existe un género de criaturas capaces de crear. Santo Tomás resuelve este problema distinguiendo entre la capacidad creativa de Dios, capaz de sacar al mundo de la nada, y la capacidad creativa de los seres humanos que se limita a abstraer conceptos a partir de los datos sensibles, quiero decir, los seres humanos, a diferencia de Dios, crean a partir de algo. Por supuesto, esto abre la pregunta de si efectivamente estos dos ámbitos de creatividad deben estar separados por el mismo abismo que separa a la materia de la forma, a la esencia de la existencia o al entendimiento agente del paciente, dicho de otro modo, abre la pregunta de la capacidad creativa de los ángeles. En cualquier caso, el hecho de que los seres humanos no puedan crear a partir de la nada lleva a Santo Tomás a establecer otra separación, la que existe entre razón y fe, pues la capacidad creativa de la razón humana debe quedar supeditada a la guía y dirección de la fe, mientras que el método cartesiano busca otorgar a la razón una capacidad creativa que carece de límites ya que, con un método, puede llegar a comprenderlo todo.